Geboren in Basel in der Schweiz.
1845-1847 Studium an der Kunstakademie in Düsseldorf. Bei Johann Wilhelm Schirmer studiert er die Landschaftmalerei.
1848 studierte er im Pairiser Louvre die französische Malerei.
1850 Aufenthalt in Italien wo er sich durch die neuen Landschaftsmotive dem Symbolismus nähert. In Rom lernt er Angela Pasucci kennen, welche er 1853 heiratet. Sie wurde Vorbild für seine späteren Frauengestalten. 1857 muß das Paar wegen Anfeindungen Angelas Ziehmutter Italien fluchtartig verlassen.
Die Flucht führte sie nach Basel.
1858 zogen Sie nach München, wo er ein Jahr später seinen ersten künstlerischen Erfolg hatte. König Ludwig I. erwarb für die neue Pinakothek Böcklins Gemälde "Pan im Schilf". Er schloß Bekanntschaften mit Sammlern und Mäzenen, welche seine Arbeiten durch zahlreiche Käufe unterstützten.
Zwei Jahre später ging er wieder nach Italien wo seine impressionistisch-farbintensiven Meisterwerke "Villa im Meer" (1864) und "Klage des Hirten" (1865/66) entstanden.
Er wurde zum begehrten Auftragskünstler.
Als 1873/74 eine schwere Choleraepidemie in München ausbrach floh Böcklin nach Florenz in Italien. Dort entstand 1880 sein berühmteste Gemälde "Die Toteninsel". Es gilt als Beispielhaftes Werk des Symbolismus.
1884 zog er nach zahlreichen Ehrungen vollständig nach Fiesole in Italien, wo er seinen Lebensabend verbrachte.
Er verstarb 1901 im Alter von 67 Jahren in seiner Villa in San Domenico.
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